Начало войны в апреле 1861 г. отняло у Демократической партии надежды на возможность объединения. Прежние фракционные деления на сторонников «суверенитета скваттеров» и противников любых модернизаций института рабовладения уступили на Севере место делениям по категориям «за мир» или «за военный конфликт» с рабовладельческой Конфедерацией. Деление партии на фракции «военных» и «мирных» демократов на этом этапе в значительной степени соответствовало реальному соотношению сил противников и сторонников поддержки администрации А. Линкольна.
Гражданская война нанесла окончательный удар по всей прежней политической структуре общества США. Страна раскололась на два воюющих друг с другом лагеря — Север и Юг. Наиболее характерной чертой этого периода стала высочайшая степень идеологизации политической жизни и межпартийных отношений, что в конечном итоге и сломало прежнюю двухпартийную систему, лишило ее стержня — общей для обеих партий социально-философской системы ценностей. И только в ходе Реконструкции, после победы капиталистического Севера над рабовладельческим Югом, постепенно сложились контуры новой двухпартийной системы в стране.