До Гражданской войны ВМС США оставались сравнительно небольшой организацией. Американские политики того времени придерживались политики невмешательства Америки в европейские дела, и опасались, что большой флот может втянуть США в какую-нибудь авантюру.
Впрочем, в период, предшествовавший войне, флот понемногу наращивал свою мощь. Численность личного состава выросла с 4 тысяч (1820 год) до 8,5 тысяч (1857), что равнялось половине личного состава сухопутной армии. В ноябре 1823 года флот состоял из одного линкора, двух фрегатов, 12 шлюпов и 15 судов других типов (все с парусным вооружением). В начале 1840 года вместе с распространением паровых двигателей в США началось активное корабельное строительство. Весной 1861 года флот Соединенных Штатов насчитывал 90 годных для службы судов, половина из них паровые. 42 корабля находились на службе, большей частью за границей, в отечественных водах было только 4 парохода. Большое количество еще существовавших парусных судов применялось только в начале войны, среди них находилось 5 линейных кораблей и 10 фрегатов.
Масштабы судостроения на Севере впечатляют: только за первые полгода войны на воду были спущены 100 новых кораблей, а в конце войны флот состоял уже из 671 корабля. Задачами флота Севера были блокада побережья Юга, поддержка сухопутных операций армии и организация десантных высадок.
Датой рождения флота Конфедерации стало 20 июня 1861 года, когда правительство переехало из Монтгомери в Ричмонд. В этот день было создано военно-морское министерство и на должность секретаря назначен энергичный и компетентный Стивен Мэллори (тоже ведомство на Севере возглавлял Гидеон Уэллс). Мэллори сразу сформулировал три составные задачи флота южан в войне с Севером: оборона гаваней, фортов и заливов; срыв военно-морских операций федералов в территориальных водах Юга и нападение на коммерческие суда северян.
В устьях основных рек были заложены 18 адмиралтейств и верфей, которые развернули активное строительство. Судостроительная политика Мэллори основывалась на понимании того, что Юг не может позволить себе строить деревянные парусные суда, которые легко могут быть захвачены северянами. Поэтому основной упор был сделан на укреплении неуязвимости кораблей и южане первыми первыми построили броненосец.
20 июня 1861 году у Конфедерации не было ни одного корабля, а уже к августу 1862 года 44 торговых корабля были переделаны в боевые, построены 24 новых корабля (12 — броненосцев), в процессе строительства находилось 23 корабля. Уникальность флота Конфедерации заключалась в том, что в нем не существовало двух одинаковых судов с одинаковыми двигателями и вооружением.
Еще одним поставщиком кораблей для флота КША стала Европа. Агент Конфедерации в Европе Джеймс Баллок, едва прибыв в Англию, принялся размещать заказы на верфях. Но усилия Мэллори и его подчиненных по увеличению численности флота оказались тщетны — флот Конфедерации остался микроскопическим — всего 150 кораблей (7 из них были рейдерами, то есть кораблями, занимающимися захватом коммерческих кораблей США в нейтральных водах) и морскую войну Конфедерация проиграла задолго до её начала.
Личный состав флота США до войны насчитывал 80 капитанов 1 ранга, 115 капитанов 2 ранга, 370 лейтенантов и 7000 нижних чинов. Когда произошла сецессия нижние чины в подавляющем большинстве остались на стороне Севера, офицерский же состав отчасти симпатизировал южанам. В начале июля 1861 года правительство США уволило 260 «ненадежных» флотских офицеров со службы, то есть почти половину.
Система комплектования военно-морских сил как на Юге, так и на Севере, нечем не отличалась от комплектования сухопутной армии. Существенной особенностью была нехватка людских ресурсов. Армия забирала себе их львиную долю. Совсем плохо обстояло дело с опытными моряками (особенно на Юге, где морская торговля не была развита). Для службы на флоте существовали возрастные рамки 13 лет — 33 года (Север), 14-35 (Юг). Торговые моряки могли служить в военном флоте до достижения 38 лет. При наборе во флот определенное значение имело жалование, которое выплачивалось раз месяц. Его размеры колебались от 7 (юнги) до 18 («морские волки») долларов.
Как на Севере, так и на Юге, на кораблях в младших чинах могли служить свободные негры (а с разрешения хозяина и рабы). Среди моряков не были редкостью американские индейцы и аборигены тихоокеанских островов, хорошо знакомые с морем. Экипажи коммерческих рейдеров Юга обычно комплектовались за границей и коренных южан в них было мало, главным образом — командиры.
Обучением новобранцев обычно занимались на специальном приемном корабле. Но на нем матрос проводил всего несколько дней и за столь короткий срок успевал усвоить только начальные сведения о субординации и научиться основам несения службы. Всё остальное он наверстывал уже на боевом корабле.
Главной проблемой, с которой сталкивался матрос, попадавший на корабль, были не опасности военного времени или изнурительные ежедневные вахты, а обыкновенная скука. Командиры всячески разнообразили времяпровождение свомх людей, но это не помогало и время на борту корабля тянулось чрезвычайно медленно.
Вся война на воде заняла в общей сложности четыре недели, а остальные четыре судьбоносных года моряки провели в роли узников, заключенных на своих кораблях.