Зимой 1857-58 года Джон Браун — аболиционист и непосредственный участник беспорядков в Канзасе – собрал в Айове компанию молодых людей, которые поставили перед собой цель поднять антирабовладельческое восстание в южных штатах. Деньги на это «благое» дело выделил так называемый «Комитет Шестерых», в который входили видные и богатые аболиционисты Севера.
Весной 1858 года Браун сотоварищи перебрались в западную Канаду и 8 мая в городке Чэтхем (треть жителей которого составляли свободные негры) объявили себя «временным конституционным собранием народа Соединенных Штатов». Это самое «собрание» приняло «Временную конституцию», преамбула которой гласила: «Поскольку рабство во всё время существования Соединенных Штатов было ничем иным, как необъявленной варварской войной одной части страны с другой… мы, граждане Соединенных Штатов и угнетаемые люди, которые, как утверждается, не имеют никаких прав, уважаемых белым населением… принимаем для нас нижеследующие временные конституцию и постановления, чтобы лучше защитить наши личности, собственность, жизни и свободы и управлять нашими действиями». Были избраны президент (им стал негр Элдер Монро) и другие должностные лица новых Соединенных Штатов. Сам Браун был назначен главнокомандующим армией.
10 мая это собрание разошлось. Браун вернулся в Канзас и до конца года принял участие в нескольких рейда на рабовладельческие плантации с целью освобождения рабов. Другие его приспешники рассредоточились по штатам.
Брауну для его масштабной войны против рабства были нужны люди и оружие. Последнее он собирался экспроприировать в арсеналах армии США. Сложно сказать, чем был обусловлен выбор арсенала в городе Харперс-Ферри в штате Виргиния. Возможно тем, что Браун надеялся, начав беспорядки именно там, привлечь на свою сторону негров этого крупнейшего рабовладельческого штата.
В конце мая 1859 года Браун появился в Виргинии. 3 июня он, приняв имя Айзека Смита, арендовал ферму в штате Мэриленд в пяти милях от Харперс-Ферри. В то же самое время трое его «представителей» поселились в пенсильванском городке Чамберсберг, куда тайными тропами доставлялись оружие и амуниция, собранное Брауном после каназасских событий.
Наконец 10 октября Браун решил, что настало время для активных действий, и выпустил «Общий приказ №1», в котором от лица «главнокомандующего Временной армией Харперс-Ферри» объявил о начале боевых действий. Штаб «армии» был дислоцирован в здании одной мэрилендской школы, куда были перевезены все запасы оружия и амуниции.
Через неделю «армия» выступила в поход. Двадцать мятежников (15 белых, включая Брауна и трех его сыновей, и 5 негров) переправились через Потомак в Виргинию, обезоружили охрану на железнодорожном мосту и очень легко захватили арсенал в Харперс-Ферри, охранявшийся всего одним часовым. Браун остался на территории арсенала, куда перенёс штаб своей «армии», а его «солдаты» рассредоточились по окрестностям, перерезая телеграфные провода и выискивая жертв для грабежа и негров для подстрекательства к мятежу.
16 октября солдаты Брауна напали на два дома в пригороде, забрали лошадей и повозки, хозяев домов отправили в Харперс-Ферри, а их рабам дали в руки оружие. Сам Браун возглавил нападение на пассажирский поезд, следовавший в Балтимор. Эта попытка ограбления стала первой роковой ошибкой бандитов – задержав поезд в Харперс-Ферри на целые пять часов и убив чернокожего носильщика из поездной бригады, Браун способствовал тому, что в столице узнали о его бесчинствах уже к полудню 17 октября.
После убийства негра Браун вернулся в «штаб», забрав с собой в качестве пленных сорок жителей Харперс-Ферри.
Новости о беспорядках быстро разлетелись по Виргинии и Мэриленду, и к месту событий стало подтягиваться ополчение из Чарльстона, Шефердстауна и Мартинсбрега. Объединившись под командованием полковника Ричарда Бэйлора, эти гражданские солдаты сумели перекрыть мятежникам пути отступления из арсенала.
Браун сосредоточил своих «солдат» в здании, в котором обычно находилась противопожарная служба арсенала, перевел туда десять пленных, чтобы использовать их в качестве «живого щита» для своей банды, и приказал открывать огонь по любому белому, который покажется в поле зрения. У бандитов стали сдавать нервы – один из них попытался бежать из арсенала, прыгнув в Потомак, но был немедленно застрелен ополченцами.
С вечера 17 октября началась войсковая операция по возвращению арсенала. Из Балтимора и Фредерика в Харперс-Ферри стали прибывать регулярные войска. Во главе операции встал Роберт Ли. Утром 18 октября полковник Ли отправил Брауну письменное предложение о добровольной сдаче и освобождении заложников, но как и ожидалось, Браун отверг его. После этой формальной процедуры Ли приказал отряду морских пехотинцев лейтенанта Израиля Грина начать штурм, но тот наткнулся на преодолимую преграду в виде дверей, забаррикадированных изнутри. Тогда Ли направил на арсенал таран, который легко разнёс двери в щепки. Ворвавшиеся внутрь пехотинцы закололи штыками всех оказывавших сопротивление, освободили заложников и арестовали раненного Брауна. Одновременно с началом штурма Ли направил кавалеристов лейтенанта Джеба Стюарта на ферму Кеннеди, чтобы забрать амуницию, собранную там Брауном.
Полковник Ли написал в своём рапорте: Браун «клянётся, что его целью было освобождение всех рабов Виргинии и всего Юга, и признаёт, что он был разочарован отсутствием помощи со стороны как черного, так и белого населения Северных и Южных штатов. Негры, которых он силой согнал со всех окрестностей, насколько я понимаю, не оказали ему добровольного содействия. Ни один раб, содержавшийся в арсенале, не принимал участие в конфликте, и все они разошлись по домам, как только были освобождены. Результат доказывает, что этот план был разработан фанатиком и сумасшедшим, и он не мог закончиться ничем другим, кроме провала».
Браун с семью своими приспешниками был передан властям округа Джефферсон штата Виргиния. Восемь белых (включая двух сыновей Брауна) и двое чёрных мятежников были убиты во время штурма. Пятерым (включая одного Брауна-младшего) удалось сбежать.
Жертвами бандитов стали двое граждан Харперс-Ферри, включая мэра города Фонтейна Бэкхема, один морской пехотинец и чернокожий носильщик из поезда.
После врачебной экспертизы Браун был признан вменяемым и 27 октября над ним начался суд под председательством судьи Ричарда Паркера, (обвинение поддерживал Эндрю Хантер, адвокатами Брауна выступили Джордж Хойт и Хайрам Грисволд), длившийся пять дней.
Суд обвинил Брауна в измене штату Виргиния, убийстве белых человек и подстрекательстве чёрных к бунту. Адвокаты настаивали на невиновности Брауна, аргументируя это тем, что он не мог изменить штату, которому не присягал на верность, лично никого не убивал, а кратковременность рейда свидетельствует о том, что подстрекательство ему не удалось.
2 ноября Браун был признан виновным по всем трём пунктам и приговорён к смертной казни через повешенье. Аппеляция адвокатов Брауна (отплату которых осуществил Уильям Сьюард вкупе с некоторыми другими видными политиками Севера, что стало предметом особого разбирательства в Конгрессе) была отклонена.
Казнь была назначена на 2 декабря 1859 года, и последний месяц своей жизни Брауну пришлось доживать в тюрьме.
За время пребывания в камере смертников Браун на Севере превратился из преступника в мученика. Этому способствовало дозволение ему вести переписку. Все письма, отправленные им на волю, были опубликованы в северных газетах. Одно предложение, написанное им в последний день жизни, распространилось по всему миру: «Я, Джон Браун, ныне абсолютно уверен, что преступления этой греховной страны не могут быть смыты ничем иным, кроме как кровью».
Опасаясь, что северные сторонники Брауна попытаются его выкрасть, губернатор Виргинии Генри Уайз направил на его охрану 1000 солдат, включая кадетов Виргинского военного института под командованием начальника института, полковника Фрэнсиса Смита. Полковник Томас Джексон, командовавший артиллеристской батареей кадетов ВВИ, так описал Брауна в день казни: «он держался с неустрашимой твердостью… Меня очень возбуждала мысль, что передо мной стоит пышущий здоровьем мужчина, который через несколько мгновений войдёт в вечность. Я подавал ходатайство, чтобы его освободили. Сама мысль, что через минуту он умрёт с пожеланием: «Изыди, одержимый, в геенну огненную!» казалась мне ужасной. Я надеюсь, что он был готов к смерти, хотя это и сомнительно».
От последней исповеди Браун отказался, поскольку ему не захотели предоставить священника с Севера, а исповедоваться священнику — стороннику рабства было выше его сил.
В час смерти Брауна, в 11 часов утра 2 декабря 1859 года, на Севере забили колокола, и целую минуту не смолкала оружейная пальба. Проповедники начали рассказывать своей пастве о жизни и мученической смерти Джона Брауна. Северные аболиционисты получили своего святого.